Da im Laufe der Zeit immer weniger Jungtiere und auch weniger Kaulquappen beobachtet werden konnten wurden die Laichgewässer näher untersucht und dabei zeigte sich, dass in den Teichen ein extrem hoher Bestand an Fischen, besonders an den nordamerikanischen Sonnenbarschen, die als extreme Laichräuber gelten, vorhanden war. Da die Teiche damals noch keinen Mönch hatten und nicht abgelassen werden konnten, erklärten sich Mitglieder des AK Lebendiger Neckar und der FGO bereit, den Bestand an Sonnenbarschen durch Abfischen v.a. durch Schleppnetze und Reusen zu reduzieren. Diese Befischungen fanden ebenfalls im Rahmen des Projekts „Integrierter Amphibienschutz im Freizeitgelände Markwasen in Reutlingen“ statt und wurden v.a. 1999 und 2000 durchgeführt. Das veränderte Mähmanagement und das Abfischen führten zu einer Erholung der Amphibienbestände. Im Jahre 2003 wurden in Absprache mit dem zuständigen Förster mehrere Tümpel für die Gelbbauchunken gegraben, die auch gut angenommen wurden. Dennoch nahm der Bestand an Amphibien, der in den besten Zeiten bei fast 6000 dokumentierten Amphibien, davon mehr als 4000 Erdkröten lag, im Laufe der Jahre vor allem bei den Erdkröten massiv ab. Dies ist wohl zum einen darauf zurückzuführen, dass die Tiere die Rudolf-Harbig-Straße bei der Hin- und Rückwanderung jeweils zweimal überqueren müssen und es nicht möglich ist, die Straße während des gesamten Wanderzeitraums zu sperren. Zum anderen ist es offenbar auf Dauer nicht möglich, eine Population über mehrere Jahrzehnte durch Absammeln stabil aufrecht zu erhalten.